JASDAQ売買システムの管理運営は、日本証券業協会から市場運営の委託を受けた(株)ジャスダックが行っており、オークション方式により売買が行われています。JASDAQ売買システムによる売買の注文は、証券会社に設置されている端末に「銘柄コード」「売り買いの別」「自己又は委託の別」「価格」「数量」などが入力され行われます。JASDAQ売買システムの売買は、売り買いの注文を集中させた上で価格優先の原則・自店優先の原則・時間優先の原則に従って約定が成立し、本質的には取引所立会内取引における個別競争売買と同じです。なお、自店優先の原則とは、同一の証券会社から取り次がれている売り買いの注文は優先的に対当し約定させるというルールのことで、時間優先の原則にも優先されます。